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碎片化的核酸分子

  • 外周血和尿液样本研究发现,样本中含有游离DNA(cell free DNA,cfDNA)除了正常细胞DNA之外,还有数量稀少的来自病原微生物、胎儿或实体肿瘤的DNA分子。
  • DNA酶作用下,cfDNA碎片化严重,片段大小集中在20bp-200bp范围内。
  • 来自病原微生物、胎儿或实体瘤的cfDNA分子碎片化程度更高,片段长度集中在100bp-150bp以下。
  • 碎片化的核酸分子形态多样,大多具有粘性末端,甚至完全是DNA单链分子。

传统PCR技术难以检测碎片化核酸分子

  • PCR技术局限导致针对微小核酸分子的检出率显著降低,而临床样本中的外周血和尿液游离核酸的碎片化程度极高。
  • 在对稀有DNA分子PCR过程中,易引入碱基错误,这种错误在指数扩增过程中被放大,不适合检测样本中的稀有分子的碱基变异。
  • 样本中碎片化核酸分子在保存和提取过程中容易发生脱氨基化学变化,导致检测结果错误,PCR技术无法分辨样本DNA的自身错误。
  • 对于待检测的目的片段,需要知道片段的全长序列,否则无法检测。对于只知道一侧的DNA融合变异,PCR无法检测。
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单引物多重靶向扩增技术使用独有DL引物(DuaListic Primer)直接与变性单链DNA模板结合,线性扩增碎片化DNA;随后将特异性扩增单链产物与含有超长UMI(Unique Molecular Identifier, 分子标签)的单链接头***连接,生成文库分子。

OPERA(One-PrimER Amplification)

 

  • ***扩增150bp以下微小DNA分子,有效解决现有PCR扩增技术的不足。
  • 与其他技术相比,OPERA能生成5-10倍的含有独立UMI的文库分子,极大提高了原始分子到文库分子的转化率,有效避免了文库构建过程中稀有分子的损失,真正实现了针对微小片段DNA的单分子检测。
  • OPERA技术是分子生物学技术路线革新与合成生物学创新原料的完美结合。目前该技术已申请10余项国内外专利,实现对技术平台的***保护。

OPERA:基于单引物多重靶向扩增的分子诊断底层技术

 

  • 完美解决碎片化难题:主要针对微小核酸分子的检测技术平台。
  • 确保检出稀有分子:对于碎片化核酸分子,实现真正的单分子级别检测,确保核酸分子有效检出。
  •  高准确率:有效避免从样本保存,DNA提取与后续PCR过程引入的碱基错误。 
  • 平台通用性强:适用于高通量测序仪、荧光实时PCR仪等多种通用检测平台。
 
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